Jonatas vive um relacionamento com o economista Paulo Mesquita, de 46 anos, a cerca de dois anos. O namorado do ator é um dos tutores das filhas de Gloria Maria, de quem era muito amigo. A jornalista morreu em 2023 e deixou duas filhas, Maria, hoje com 18 anos, e Laura, de 17, sob os cuidados de pessoas próximas, entre elas Paulo Mesquita.
