Revelado pelo Betis, Joaquín jogou 14 temporadas pelo clube de Sevilha. O atacante foi fundamental no acesso à elite e na conquista da Copa do Rei em 2005, encerrando um longo jejum do clube, pelo qual marcou 65 gols na carreira. Ele encerrou sua trajetória profissional em junho de 2023, aos 41 anos, como o recordista de partidas no Betis (515). O ex-atleta é atualmente conselheiro do clube.
