Oficialmente, Epstein não teve filhos e nunca se casou, apesar de um longo relacionamento com Ghislaine Maxwell, que está presa. No seu testamento, assinado dois dias antes de sua morte, numa prisão de Nova York em 2019, ele listou seu irmão, Mark Epstein, como seu único parente vivo e herdeiro legal caso não houvesse um testamento. Sua fortuna é avaliada em US$ 580 milhões (R$ 3 bilhões).
